Les deux principaux secteurs de recherche de Mylène Jaccoud portent sur les politiques et les pratiques alternatives en matière de justice pénale (médiation et justice réparatrice) ainsi que sur l’analyse des rapports entre l’administration de la justice pénale et les Premières nations et les Inuits au Québec. Les projets en cours concernent la gouvernance des Premières nations & des Inuits dans le secteur sociopénal, la violence envers les femmes autochtones, les tribunaux spécialisés et la reconstruction de la régulation sociale dans les communautés autochtones. Un projet d’intervention, conçu en 2011 et orienté vers la reconstruction de la régulation sociale dans les communautés inuites du Nunavik, est en cours d’implantation dans trois communautés. Ce projet fait l’objet d’une recherche participative.

Parallèlement à ces activités, madame Jaccoud est impliquée dans la formation et le soutien au développement des pratiques alternatives auprès des organismes de justice alternative du Québec.